Anticamente Porto Cesareo fu un porto attivo che decadde nel II sec. d.C. a causa delle devastazioni di pirati e Saraceni. Il paese risorse nel XVI sec. ad opera di un gruppo di pescatori; originariamente frazione di Nardò, ha acquistato una propria autonomia civica nel 1974.

Il luogo possiede testimoninze archeologiche preistoriche e messapiche: una Torre del XVI sec. e tanti reperti di varie epoche che si possono ammirare nella zona di una fornace romana detta Scala di Furnu.

Importante è la Riserva Naturale, con l'Isola dei Conigli. L'Ente gestore è un Consorzio tra i comuni di Porto Cesareo, Nardò e la Provincia di Lecce, con una superficie di 17.156,90 ha. Il litorale della riserva di Porto Cesareo è molto frastagliato e vario: dalle spianate calcaree dei terrazzi si passa alle spiagge, dove la duna costiera ospita una fitta vegetazione arbustiva tra golfi, insenature, speroni rocciosi, scogli e isolotti. I fondali presentano un caratteristico ambiente sub-tropicale con associazioni animali molto particolari e tipiche dei mari caldi. Il coralligeno, per la presenza di madreporari, si trova a profondità minime ed a brevissima distanza dalla costa.